Es una de las instituciones científicas más notables de la ciudad. Hacia 1780, por deseo de Carlos III, fue trasladado desde las afueras hasta el Paseo del Prado con la intención de que el estudio de la Botánica fuera accesible a toda la ciudadanía. Las plantas medicinales se repartían gratuitamente y se podía asistir a las clases de los profesores. Su diseño es obra del arquitecto Juan de Villanueva y la división en terrazas y cuadros permite ordenar las plantas según sus características botánicas. Guarda en su interior y en sus invernaderos magníficos ejemplares de árboles singulares como el olmo conocido como «El Pantalones» , y magníficas colecciones vivas como la de rosas antiguas, dalias, bonsáis, etc.